Es el órgano máximo de la Empresa, responsable de emitir políticas y normas para su funcionamiento; y, de controlar la gestión de la misma.

El Código Municipal del Distrito Metropolitano de Quito, norma la integración del Directorio de las Empresas Públicas Metropolitanas de la siguiente manera:

• La Alcaldesa o el Alcalde Metropolitano o su delegado (a)
• Dos concejales o concejalas elegidos por el Concejo Metropolitano, en representación de este órgano del gobierno descentralizado autónomo, preferentemente sobre la base de los ejes estratégicos de la administración, o su suplente, que será un Concejal principal
• La Secretaria o el Secretario responsable de la Planificación o su (a); y,
• La Secretaria o el Secretario responsable de la Secretaria a la cual se hubiere adscrito la empresa pública metropolitana, o su delegado (a)